Scoutmuseet grundades den 21 februari 1962 vid ett möte mellan ledarna för de finska flick – och pojkscoutdistrikten i sydvästra Finland (Varsinais-Suomen Partiotyttö- ja Partiopoikapiiri) på förslag av FD Rafael “Raffu” Helanko. Scoutledarna Rafael Helanko, Eeva Laurén, Angelique Troupp, Aarno Stauffer, Aku Leino och Marja Margelin var närvarande. År 1963 grundades Turun Partiolaiset – Scouterna i Åbo och museiverksamheten överfördes till den.
Som start för av utställningsaktiviteten kan betraktas den historieutställning som hålls sommaren 1974 på Åbo slott. Den invigdes av Verneri ”Louhisusi” Louhivuori. Uppskattningsvis 100 000 besökare på slottet besökte utställningen.
Det första museirummet, ett källarutrymme i kungsgården Lill-Heikkilä, hyrdes av Åbo stad 1974 och öppnades i november 1975. Museet drevs av Turun Pyhän Yrjänän Kokta (S:t Göransgillet i Åbo), gillesmästaren och museichefen Ilmari Rinne. Fredrikagillet och Turun Partiolaiset – Scouterna i Åbo ry var också närvarande. Raffu Helanko blev ordförande för museets styrelse och Ilmari Rinne fortsatte som museichef.
I maj 1979 grundades en stödförening, Partiomuseoyhdistys – Scoutmuseiföreningen (ry 12/1980) för museet och Raffu Helanko valdes till ordförande. 1980 tillträdde han också rollen som museolog. Samma år hyrdes drängstugan tillhörande Kuikkula gård i närheten av S:t Katarina kyrka, som var tre gånger större än den gamla museibyggnaden, från Åbo stad som ett nytt museum. Utställningen öppnades i Kuikkula i april 1980. Scoutmuseets logotyp är gjord efter modell av bomärket tillhörande Jaakko Matinpoja (1775), ägaren till Kuikkula gård. 1981 valdes Eino “Eikka” Leiniö till föreningens ordförande.
Sedan 1983 har Scoutmuseiföreningen varit B-medlem i Suomen Partiolaiset – Finlands Scouter ry.
Kassören, ”museets ande”, Raffu Helanko dog plötsligt 1986. Kassörens uppgifter tilldelades en förvaltningsstyrelse som bildades av cheferna för de arbetande kommittéerna med Eikka Leiniö som ordförande.
Sedan 1988 har museet byggt tillfälliga utställningar för scoutevenemang och läger för att visa upp scouthistoria. Museet övergick till datortid 1989.
När Kuikkulas lokaler blev trånga i början av 1990-talet var det nödvändigt att leta efter nya lokaler för museet. Lösningen hittades hösten 1995 i Raunistula. Den utsmyckade bostadsbyggnaden som varit direktörsbostad vid Barker-textilfabriken, blev ledig då statens fastighetsverk flyttade. Flytten från Kuikkula till nya rymliga lokaler på Virusmäkivägen ägde rum vid årsskiftet 1995-96.
Eikka Leiniö, föreningens långvariga ordförande, meddelade 1995 att han ville avgå och vid höstmötet 1996 valdes Kalevi ”Kale” Kuusinen till ordförande.
Eero “Cicero” Ahtikari och efter honom Yrjö “Yrjänä” Nenonen fungerade som museichef 1996-2002. När Kale Kuusinen inte längre var tillgängligt vid mötet hösten 2002 då ordföranden valdes, valde mötet Yrjö ”Yrjänä” Nenonen till ny ordförande 2003. Teemu “TTH” Helin valdes till vice ordförande och museichef. Följande år bildades en museiledningsgrupp på tre personer, där föreningens ordförande tog hand om mötesfrågor, Teemu “TTH” Helis den permanenta utställningen och Seppo “Sepe” Sundells tekniska frågor.
I samband med ägarbytet till fastigheten vid Virusmäkivägen förnyades inte hyresavtalet.
Återigen sökte man en ny lösning för lokalerna. Saneringen av det finska scoutdistriktets fastighet på Västra långgatan inleddes och samtidigt erbjöds museet lokaler och ett långsiktigt hyresavtal. Invigningen av det nuvarande museet och Scoutcentret firades den 18 maj 2005. Tio år senare hyrde museet mer lagringsutrymme i gatunivå i samma byggnad och museets lagringsutrymme blev större.
Under scoutingens 100-årsjubileum reste Finlands Scoutmuseums vandringsutställning från Åbo till Kuopio, Lahtis, Tammerfors, Villmanstrand, S:t Karins, Vasa, Uleåborg och slutligen till Helsingfors. Den beräknas ha nått nästan 40 000 besökare.
År 2014 publicerades museets 50-årsjubileumsbok: Scoutmuseets fem decennier 1962 – 2012.
Efter att ha tjänstgjort som föreningens ordförande i 14 år meddelade Yrjänä Nenonen vid höstmötet 2016 att han avgår följande. Höstmötet 2017 valde Nina “Niilo” Hännikäinen till ny ordförande. Revideringen av föreningens stadgar började 2019.
Hittills är Kemijärvi den nordligaste platsen för våra tillfälliga museiutställningar, vars säsong började redan 1988. Sommaren 2019 hade Scoutmuseet ett pop up-museum på Kajahuslägret som ordnades av det lappländska scoutdistriktet och på hösten även i Evois i samband med Ledareldar. Under 2019 besökte totalt 1 966 besökare museet i Åbo och pop-up-museerna.